以下是药师佛发普渡众生十二大愿：
药师佛十二大愿：1.愿我来世，得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明炽然照耀无量无尽无边世界，以三十二大丈夫相，八十随形庄严其身；令一切有情如我无异。
药师佛十二大愿：2.愿我来世得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽；光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严过于日月；幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业。
药师佛十二大愿：3.愿我来世得菩提时，以无量无边智慧方便，令诸有情皆得无尽所受用物，莫令众生，有所乏少。
药师佛十二大愿：4.愿我来世得菩提时，若诸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；苦行声闻独觉乘者，皆以大乘而安立。
药师佛十二大愿：5.愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒、具三聚戒；设有毁犯，闻我名已还得清净，不堕恶趣。
药师佛十二大愿：6.愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑陋、顽愚、盲、聋、喑、哑、挛躄、背偻、白癞、颠狂、种种病苦；闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。
药师佛十二大愿：7.愿我来世得菩提时，若诸有情众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦；我之名号一经其耳，众病悉除，身心安乐，家属资具悉皆丰足，乃至证得无上菩提。
药师佛十二大愿：8.愿我来世得菩提时，若有女人为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身；闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提。
药师佛十二大愿：9.愿我来世得菩提时，令诸有情出魔罥网，解脱一切外道缠缚；若堕种种恶见稠林，皆当引摄置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提。
药师佛十二大愿：10.愿我来世得菩提时，若诸有情王法所加，缚录鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难凌辱，悲愁煎逼，身心受苦；若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦。
药师佛十二大愿：11.愿我来世得菩提时，若诸有情饥渴所恼，为求食故造诸恶业；得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食饱足其身，后以法味毕竟安乐而建立之。
药师佛十二大愿：12.愿我来世得菩提时，若诸有情贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼；若闻我名，专念受持，如其所好即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具，华鬘、涂香，鼓乐众伎，随心所玩，皆令满足。
